Учредителем Центра является администрация Николаевского муниципального района Хабаровского края в лице управления образования администрации Николаевского муниципального района Хабаровского края.

На основании решения Собрания депутатов Николаевского муниципального района Хабаровского края №51-260 от 03.10.2011 «Об изменении типа существующих муниципальных образовательных учреждений на муниципальные бюджетные образовательные учреждения» муниципальное образовательное учреждение для детей, нуждающихся в психолого-педагогической и медико-социальной помощи, центр психолого-медико-социального сопровождения г. Николаевска-на-Амуре Хабаровского края было переименовано в муниципальное бюджетное образовательное учреждение для детей, нуждающихся в психолого-педагогической и медико-социальной помощи, центр психолого-медико-социального сопровождения г. Николаевска-на-Амуре Хабаровского края 6 февраля 2012 года.

8 июля 2016 года МБОУ ППМС-центр был переименован в связи с приведением деятельности Центра в соответствии с Законом об образовании в Российской Федерации от 31.12.2012 года №273-ФЗ в муниципальное бюджетное учреждение "Центр психолого-педагогической, медицинской и социальной помощи" г. Николаевска-на-Амуре Хабаровского края. Сокращенное наименование МБУ ЦППМСП г. Николаевска-на-Амуре.